Zásadní otázka, dle čeho to zpracováváš? Pokud vím, tak revidovaný Bestiář v elektronické podobě se zatím nedá nikde sehnat, alespoň Altar ho nemá v nabídce.

Já jsem o proti knize nedělal příklady kurzivou, ale pouze pomoci značky "> " na začátku řádku. V podkladech, které jsem dostal od Siriena, a které jsem zkonvertoval pandocem, byla ta zvýrazněná slova a fráze naformátováno celkem správně. Kdybych příklad převáděl do kurzívy, tak by to byla práce navíc bez valného přínosu.

Já jsem jinak postupoval tak, že jsem si napsal nějaká makra a regexi ve VIMu, tím to proháněl a pak to validoval proti knize, opravoval drobnosti a dělal odkazy. Mám vlastní docker s vuepressem, tak jsem rovnou testoval i výsledek.

Dělení do souborů bych asi udělal takto:
01_uvod.md (ta není a tu bych pridal)
02_lide.md
03_zvirata.md
...